穆勒出身于德甲霸主拜仁慕尼黑队的青训系统，他于2008年8月15日拜仁慕尼黑对阵汉堡的德甲联赛中首次出场完成其德甲首秀。2009年3月10日在拜仁慕尼黑主场对阵里斯本竞技的欧洲冠军联赛中，他在第72分钟替补中场球员施魏因施泰格上场，并且在补时阶段打入一球，成功地完成了其个人在欧洲赛场的首演。